Česko‐německé fórum mládeže vzniklo z iniciativy mladých lidí z České republiky a Německa, kteří již v roce 1997, kdy byla ministry zahraničí obou zemí založena Koordinační rada Česko‐německého diskusního fóra, požadovali možnost zapojení mladé generace do česko‐německého dialogu. V roce 2001 bylo Česko‐německé fórum mládeže založeno jako projekt Koordinační rady. Obě grémia jsou dodnes úzce propojena: Fórum mládeže je od roku 2003 v Česko‐německém diskusním fóru zastoupeno svými mluvčími.
Záštitu nad Česko‐německým fórem mládeže převzal na české straně Josef Zieleniec, někdejší poslanec Evropského parlamentu a bývalý ministr zahraničí; německou záštitu převzala Petra Ernstberger, bývalá poslankyně Spolkového sněmu a místopředsedkyně česko‐německé parlamentní skupiny. Česko‐německé fórum mládeže je podporováno Česko‐německým fondem budoucnosti, Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy ČR a z prostředků německého programu Kinder‐ und Jugendplan des Bundes spravovaných Koordinačním centrem česko-německých výměn mládeže Tandem.
Přípravu a realizaci projektu zajišťovali v letech 2001 až 2003 Koordinační centrum česko‐německých výměn mládeže Tandem, IDOR a Nadace Brücke/Most v Drážďanech. Od roku 2003 ručí za existenci Česko‐německého fóra mládeže nositelská sdružení Česko‐německé fórum mládeže, o.s. a Freunde des Deutsch‐tschechischen Jugendforums e.V., jejichž členové pocházejí především z řad bývalých členů Fóra. Svým dobrovolným angažmá umožňují existenci Fóra i pro své následovníky.
V průběhu let své existence zrealizovalo Česko‐německé fórum mládeže mnoho projektů. To se podařilo také díky dlouholeté těsné spolupráci se sponzory a partnery jako jsou Koordinační centrum česko‐německých výměn mládeže Tandem, Česko‐německý fond budoucnosti, Goethe‐Institut Praha, DAAD Praha a mnozí další.
Jak už název projektu napovídá, bylo původním cílem Fóra mládeže vytvořit prostor, který by sloužil k výměně názorů a sdílení zkušeností mladé generace Čechů a Němců. Postupem času začaly ve Fóru mládeže vznikat menší projekty, které postupem času nabývaly na své intenzitě. V posledních letech se Česko-německé fórum mládeže soustředilo především na projektovou práci.
Od roku 2011 bylo zavedeno několik změn, jejichž cílem bylo přizpůsobit se potřebám mladých lidí z České republiky a Německa, aby mohli plně využívat možnost vyjadřovat se k aktuálním otázkám. Od roku 2015 jsou hlavními charakteristikami funkčního rámce Fóra mládeže: diskusní charakter práce Fóra, projektová práce v rámci pěti pracovních skupin, dvouleté funkční období a zastřešující téma.
